凌晨员工失踪，用人单位应根据实际情况承担相应的赔偿责任：
1. 确定员工失踪原因
根据员工的工作时间、离岗时间和最后出现地点等信息，判断员工是否因工作原因失踪。
2. 查找失踪员工
积极配合警方和有关部门进行搜索救援；
通知员工家属并提供必要的协助。
3. 明确用人单位责任
如果员工因工作原因失踪且经合理查找仍未找到，用人单位应承担工伤赔偿责任。
如果员工非因工作原因失踪，用人单位一般无需承担工伤赔偿责任。
4. 计算赔偿金额
工伤赔偿金额由多种因素决定，包括员工工资、伤残等级、医疗费用等。
5. 支付赔偿金
用人单位应按时足额支付赔偿金给员工或其家属。
二、凌晨员工失踪证明工伤举证难
凌晨员工失踪后要认定工伤，需要提供充分的证据证明其系因工作原因失踪。举证难点主要包括：
1. 无目击证人或其他直接证据：凌晨失踪时往往无人目睹，难以取得直接证据证明员工系因工作原因遇险。
2. 死亡时间难确定：失踪员工一旦找到，死亡时间往往难以确定，影响工伤认定。
3. 缺乏明确规章制度：部分企业对于凌晨员工的工作安排缺乏明确的规章制度，导致工伤认定困难。
三、如何预防凌晨员工失踪
用人单位可采取以下措施预防凌晨员工失踪事件发生：
1. 制定合理的工作安排：避免安排员工在凌晨长时间工作。
2. 加强安全管理：完善夜间安全制度，加强巡查、监控等安全措施。
3. 加强员工培训：对员工进行安全意识培训，提高其自我保护能力。
4. 建立应急预案：制定员工失踪后的应急预案，明确责任分工和处置流程。
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