问题描述：因档案问题被单位克扣工资合法吗
法律分析：
关于因档案问题被单位克扣工资合法吗的问题,本站律师从法律角度分析如下：
因档案问题被单位克扣工资是不合法的。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。用人单位克扣劳动者工资的，劳动者可以去当地劳动监察大队投诉，或者去劳动争议仲裁部门申请仲裁。
法律依据：
《劳动合同法》第八十五条第一项
用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
补充法律分析：
通常情况下，如果对工资问题有异议，有以下维权方式，首先是双方协商，协商不成可以申请劳动仲裁，对劳动仲裁结果不满意可以提起民事诉讼。如果用人单位恶意拖欠劳动者工资，可以拨打12333维权。
更多复杂的工资相关法律纠纷问题，建议咨询专业律师。