绩效工资是企业根据员工的绩效表现发放的工资部分，是企业激励员工的重要手段。如果企业扣除了员工的绩效工资，员工可以采取以下措施维权：
一、沟通协商
员工可以尝试与企业进行沟通协商，了解扣除绩效工资的原因。如果企业扣除绩效工资的理由不合理或依据不足，员工可以提出异议，并要求企业作出相应补偿。
二、提交申诉
如果协商不成，员工可以向企业的人力资源部门或工会提交申诉。企业应按照相关规定调查处理，并给出明确的答复。如果企业仍不同意员工的申诉，员工可以考虑通过其他途径维权。
三、申请劳动仲裁
如果通过企业内部渠道无法解决问题，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将对案件进行调查和审理，并作出裁决。裁决对企业和员工具有约束力。申请仲裁的时效为自知道或者应当知道权利被侵害之日起一年内。
四、提起诉讼
如果对仲裁裁决不服，员工可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。人民法院将对案件进行审理判决。胜诉后，员工可以依法获得相应的赔偿。
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