船员在工作中被钉子扎伤，应及时采取以下措施：
1、立即清洗伤口
用肥皂水或生理盐水彻底清洗伤口，清除异物和污垢，以防止感染。
2、消毒伤口
使用碘伏或双氧水等消毒剂对伤口进行消毒，以杀灭细菌。
3、包扎伤口
用干净的纱布或绷带对伤口进行包扎，以保护伤口并防止感染。
4、注射破伤风疫苗
钉子可能带有破伤风菌，因此需要尽快注射破伤风疫苗，以预防破伤风感染。
5、就医检查
如果伤口较深或有红肿、疼痛等感染迹象，应立即就医检查，以进行进一步的治疗。
赔偿问题
船员在工作中受伤，根据《中华人民共和国海商法》第48条的规定，船方有义务对船员因公受伤进行赔偿。赔偿包括医疗费、误工费、生活费、残疾赔偿金等。具体赔偿金额由以下因素决定：
1、伤情的严重程度；
2、船员的收入水平；
3、船方的过错程度。
船员可以向船方提起索赔，要求船方支付赔偿金。如果船方拒绝赔偿或赔偿金额不足，船员可以向海事仲裁委员会或人民法院提起仲裁或诉讼，以维护自己的合法权益。
需要注意的是：
1、船员应及时向船方报告受伤情况，并保存相关证据，如医疗证明、工资单等；
2、船员在索赔时应合理计算赔偿金额，并提供必要的证据支持；
3、法律问题具有较强的专业性，如有疑问不知道如何处理，建议一对一咨询专业律师，欢迎在本站免费咨询律师，我们为你提供专业、详细的法律建议。