综合工时制是一种常见的工资计算方式，它将员工的工作时间按照一定比例分配到基本工资和加班工资中，以达到公平合理的薪酬分配。当员工因工伤或其他原因需要获得赔偿时，综合工时制会给双方带来一定的困扰。那么，如果在综合工时制下需要赔偿，应该怎么办呢？
对于因工伤需要赔偿的员工，企业应该及时按照相关法律法规进行赔偿。在综合工时制下，企业应该按照员工实际工作时间计算工资，并根据工伤程度和赔偿标准进行赔偿。如果企业无法确定员工的实际工作时间，可以根据员工的工作记录和相关证明材料进行推算，并以此为依据进行赔偿。
对于其他需要赔偿的情况，如合同违约、加班补偿等，企业也应该按照综合工时制的计算方式进行赔偿。在这种情况下，企业应该根据员工的实际工作时间和工资计算标准进行计算，并以此为依据进行赔偿。如果员工和企业之间存在争议，可以通过调解、仲裁等方式解决。
综合工时制下的赔偿问题并不复杂，企业只需要按照相关法律法规和工资计算标准进行计算和赔偿即可。企业也应该加强对员工工作时间和工资的记录和管理，以便在需要时提供证明材料。只有这样，才能保证员工的权益得到有效保障，企业的合法权益也能得到维护。